Il celebre Studio Comune di Bologna nasce come centro di studi, specializzato nell'analisi del diritto romano classico, alla fine del XI, precisamente nel 1088 come stabilito da un comitato di storici guidato da Gisuè Carducci nel 1888. Attualmente noi definiamo con il termine Università il complesso didattico, scientifico, amministrativo ed edilizio, mentre anticamente scignificava collettività e veniva usato per indicare l'insieme di studenti che frequentavano lo Studio.
Il fondatore della scuola giuridica bolognese è considerato IRNERIO (morto nel 1125) per la novità e la profondità del suo metodo esegetico. Egli ebbe numerosi discepoli che continuorono la sua attività scientifica e didattica. Tra questi ne ebbe particolarmente cari quattro a cui avrebbe dedicato la famosa frase:

"Bulgarus os aurem, Martinus copia legum, mens legum est Ugo, Jacopus id quod ego" "Bulgaro è bocca d'oro, Martino ha la conoscenza di tutte le leggi, Ugo ne interpreta lo spirito, Jacopo è un altro me stesso"

Bologna a quei tempi era una piccola città favorita dalla posizione geografica, crocevia fra le vie di comunicazione nord-sud est-ovest, e molti studenti forestieri vi accorsero per ascoltare i nuovi maestri.
L'insegnamento era organizzato su base privata, gli studenti pagavano il maestro che si impegava a leggere il «Corpus iuris» e a presentarli, appena li avesse giudicati maturi, ad altri maestri per saggiarne il grado di preparazione e dichiararne, eventualmente, l'idoneità ad esercitare a loro volta l'insegnamento.
Nel 1155 gli studenti descrissero così all'Imperatore Federico Barbarossa la loro condizione di studenti a Bologna:

«Noi amiamo sopra le altre questa città, ricca di prodotti e adatta all'insegnamento: qui giunge da ogni parte d'Europa una moltitudine di scolari che vogliono apprendere.   Qui portiamo cose, vestiti e denaro.  Troviamo case adatte nel centro della città.  Compriamo a giusto prezzo le cose che ciascuno di noi vuole, salvo l'acqua il cui uso è comune a tutti.   I cittadini, a dir vero, ci onorano.  In una cosa si rendono qualche volta molesti: nel pretendere il pagamento di un debito lasciato da un compagno nostro vicino e corregionale.»

Lo stesso Barbarossa rimediò a questo neo dei bolognesi con l'editto di Roncaglia, con il quale accordava agli studenti il diritto di non dover rispondere degli atti e dei debiti dei compagni.
A partire dal XIV secolo ai giuristi si aggiunsero i cosiddetti «artisti», studiosi di medicina, filosofia, aritmetica, astronomia, logica, retorica e grammatica.
Nel XV secolo si istituirono insegnamenti di greco ed ebraico e nel XVI secolo quelli di «magia naturale», cioè di scienza sperimentale. Di questo periodo è Ulisse Aldrovandi che contribuì allo sviluppo della farmacopea, allo studio degli animali e dei fossili che raccolse e classificò.